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・「の」がいちばん多い。
とりあえず作ってみた。
2008年6月26日午前2時時点でのGoogle(http://www.google.co.jp)の検索結果。濁音･鼻濁音は今は省略。ランキング化も面倒なので今は省略。
この他漢字に含まれる音を含めると違った結果が出るかもしれないが、50音のうち日本語でよく使われるものを調べる一助とはなるはず。

あ に一致する日本語のページ 約 158,000,000 件
い に一致する日本語のページ 約 179,000,000 件
う に一致する日本語のページ 約 124,000,000 件
え に一致する日本語のページ 約 83,000,000 件
お に一致する日本語のページ 約 989,000,000 件

か に一致する日本語のページ 約 607,000,000 件
き に一致する日本語のページ 約 127,000,000 件
く に一致する日本語のページ 約 91,600,000 件
け に一致する日本語のページ 約 69,000,000 件
こ に一致する日本語のページ 約 119,000,000 件

さ に一致する日本語のページ 約 301,000,000 件
し に一致する日本語のページ 約 1,150,000,000 件
す に一致する日本語のページ 約 140,000,000 件
せ に一致する日本語のページ 約 125,000,000 件
そ に一致する日本語のページ 約 50,700,000 件

た に一致する日本語のページ 約 1,160,000,000 件
ち に一致する日本語のページ 約 114,000,000 件
つ に一致する日本語のページ 約 182,000,000 件
て に一致する日本語のページ 約 1,370,000,000 件
と に一致する日本語のページ 約 1,210,000,000 件

な に一致する日本語のページ 約 1,040,000,000 件
に に一致する日本語のページ 約 1,690,000,000 件
ぬ に一致する日本語のページ 約 52,400,000 件
ね に一致する日本語のページ 約 379,000,000 件
の に一致する日本語のページ 約 1,930,000,000 件

は に一致する日本語のページ 約 1,490,000,000 件
ひ に一致する日本語のページ 約 45,700,000 件
ふ に一致する日本語のページ 約 60,200,000 件
へ に一致する日本語のページ 約 944,000,000 件
ほ に一致する日本語のページ 約 43,100,000 件

ま に一致する日本語のページ 約 190,000,000 件
み に一致する日本語のページ 約 208,000,000 件
む に一致する日本語のページ 約 39,600,000 件
め に一致する日本語のページ 約 72,200,000 件
も に一致する日本語のページ 約 965,000,000 件

や に一致する日本語のページ 約 578,000,000 件
ゆ に一致する日本語のページ 約 51,300,000 件
よ に一致する日本語のページ 約 344,000,000 件

わ に一致する日本語のページ 約 112,000,000 件
を に一致する日本語のページ 約 1,730,000,000 件
ん に一致する日本語のページ 約 582,000,000 件